市醫療保障局設下列內設機構：
（一）綜合科。負責機關日常運轉，承擔文電、會務、信訪、安全、保密、檔案、信息、黨建、宣傳、效能、黨風廉政建設、政務公開、對外合作交流和后勤保障等工作。承擔干部人事、機構編制、勞動工資、教育培訓和考核工作。負責機關和下屬單位黨群工作和離退休干部工作。承擔機關財務管理，對機關下屬事業單位專項資金使用情況進行監督檢查，指導開展績效評估。協同做好醫療保障基金預、決算管理。擬定全市醫療保障工作發展規劃。協調做好規范性文件的合法性審查、行政執法監督、行政復議、行政應訴等工作。
（二）待遇保障科（醫藥服務管理科）。擬訂醫療保障籌資和待遇政策，建立醫療保障待遇調整和確定機制，完善城鄉醫保籌資機制，統籌城鄉醫療保障待遇標準；統籌推進多層次醫療保障體系建設，負責統籌城鄉醫療救助、城鄉居民大病保險和其他各項補充保險的管理工作；建立健全醫療保障關系轉移接續政策；組織實施長期護理（照護）保險制度；組織實施醫療保障精準扶貧工作，負責擬訂全市醫療救助政策并組織實施；承辦離休干部醫藥費統籌管理服務工作。組織實施全市基本醫療保險目錄和大病保險目錄及支付標準，建立動態調整機制，落實目錄準入規則；擬訂定點醫藥機構醫保協議和支付管理、異地就醫管理和費用結算辦法，組織推進醫保支付方式改革；組織開展藥品、醫用耗材、醫療技術的經濟性評價。
（三）基金監督科（醫藥價格科）。擬訂全市醫療保障基金監督管理辦法并組織實施，建立健全醫療保障基金安全防控機制，監督管理納入醫保支付范圍的醫療服務行為和醫療費用；組織開展打擊欺詐騙取醫療保障基金行為，依法查處醫療保障領域違法違規行為；加強醫療保障經辦內控機制建設，規范醫保經辦業務；建立健全醫療保障信用評價體系和信息披露制度；負責醫療保障服務醫師管理；牽頭負責定點協議管理機構醫療保障基金使用總額管理和考核考評；推進全市醫療保障信息化建設，加強醫療保障經辦服務平臺、異地就醫費用結算平臺、醫療保障基金智能監控平臺和醫療保障數據管理平臺管理，加強醫療保障數據集中、分析、運用和發布，對醫療保障基金實行實時動態監管。組織實施全市藥品、醫用耗材價格和醫療服務項目、醫療服務設施收費等政策，建立醫保支付醫藥服務價格合理確定和動態調整機制，推動建立市場主導的社會醫藥服務價格形成機制，建立價格信息監測、成本調查和發布制度；貫徹落實藥品、醫用耗材的招標采購、配送及結算管理政策并監督實施。