根據《南通市委辦公室市政府辦公室關于印發〈啟東市機構改革方案〉的通知》(通辦〔2019〕8號)，組建啟東市衛生健康委員會，為市政府工作部門。
市衛生健康委主要職責：
（一）貫徹實施國民健康政策，擬訂全市衛生健康事業發展規劃，統籌規劃衛生健康資源配置和信息化建設工作，制定并組織實施推進衛生健康基本公共服務均等化、普惠化、便捷化和公共資源向基層延伸等政策措施。
（二）負責健康啟東戰略協調推進工作，研究提出健康啟東建設的政策建議、制度措施和職責分工并協調實施。統籌全市健康促進與健康服務工作。
（三）協調推進深化醫藥衛生體制改革，會同有關部門研究提出深化醫藥衛生體制改革部署、政策、措施的建議。組織推動公立醫院綜合改革，推進管辦分離，健全現代醫院管理制度，制定并組織實施衛生健康公共服務提供主體多元化、提供方式多樣化的政策措施，提出醫療服務和藥品價格政策的建議。
（四）貫徹實施國家中醫藥法律、法規，擬訂并組織實施中醫藥中長期發展規劃、政策措施，并納入全市衛生健康事業發展總體規劃和戰略目標。負責中醫藥和中西醫結合工作的管理。
（五）制定并組織落實疾病預防控制規劃、免疫規劃以及嚴重危害人民健康公共衛生問題的干預措施。負責衛生應急工作，組織指導全市突發公共衛生事件的預防控制和各類突發公共事件的醫療衛生救援。收集上報法定報告傳染病疫情信息、突發公共衛生事件應急處置信息。組織開展食品安全風險監測、評估和交流，承擔食品安全企業標準跟蹤管理。
（六）負責推進全市老年健康服務體系建設和醫養結合工作。
（七）開展藥品使用監測、臨床綜合評價和短缺藥品預警。提出基本藥物價格政策的建議。
（八）監督實施國家頒布的醫療機構和醫療服務全行業管理辦法、衛生健康專業技術人員資格標準、執業規則和服務規范。建立全市醫療服務評價和監督管理體系。組織實施醫療服務地方規范、標準和衛生健康專業技術人員執業規則、服務規范。
（九）組織實施職業衛生、放射衛生相關政策、地方標準。組織開展職業病監測、專項調查、職業健康風險評估和職業人群健康管理工作。
（十）負責職責范圍內的職業衛生、放射衛生、學校衛生、公共場所衛生、飲用水衛生等公共衛生的監督管理，負責傳染病、職業病防治監督，健全衛生健康綜合監督體系，推進全市衛生健康誠信體系建設。
（十一）負責計劃生育管理和服務工作，開展人口監測預警，研究提出人口與家庭發展相關政策建議，落實計劃生育政策和人口發展規劃相關任務。
（十二）指導全市基層衛生健康工作，推進基層醫療衛生、婦幼健康服務體系和全科醫生隊伍建設。
（十三）擬訂全市衛生健康科技發展規劃，組織實施衛生健康相關科研項目。推進衛生健康科技創新發展。組織實施畢業后醫學教育和繼續醫學教育。組織開展住院醫師和?？漆t師規范化培訓工作，協同指導院校醫學教育。
（十四）擬訂全市衛生健康人才發展規劃，指導衛生健康人才隊伍建設。
（十五）負責衛生健康宣傳、健康教育等工作。組織指導對外交流合作和援外工作。
（十六）負責市干部保健委員會確定的保健對象的醫療保健工作，負責市級部門有關干部醫療管理工作。負責重要會議與重大活動的醫療衛生保障工作。
（十七）承擔健康啟東建設領導小組、市愛國衛生運動委員會等的具體工作。指導市計劃生育協會的業務工作。
（十八）完成市委、市政府交辦的其他任務。
（十九）職能轉變。牢固樹立大衛生、大健康理念，推動實施健康啟東戰略，以改革創新為動力，以促健康、轉模式、強基層、重保障為著力點，把以治病為中心轉變到以人民健康為中心，為人民群眾提供全方位全周期健康服務。一是更加注重預防為主和健康促進，加強預防控制重大疾病工作，積極應對人口老齡化，健全健康服務體系。二是更加注重工作重心下移和資源下沉，推進衛生健康公共資源向基層延伸、向農村覆蓋、向生活困難群眾傾斜。三是更加注重提高服務質量和水平，推進衛生健康基本公共服務均等化、普惠化、便捷化。四是協調推進深化醫藥衛生體制改革，加大公立醫院改革力度，推進管辦分離，推動衛生健康公共服務提供主體多元化、提供方式多樣化。