市政府機構
| （1） 啟東市人民政府辦公室 | 簡稱：市政府辦公室 |
| （掛牌：啟東市人民政府研究室） | 簡稱：市政府研究室 |
| （掛牌：啟東市人民政府外事辦公室） | 簡稱：市外辦 |
| （中共啟東市委外事工作委員會辦公室設在市政府辦公室） | 簡稱：市委外辦 |
| （2） 啟東市發展和改革委員會 | 簡稱：市發展改革委 |
| （掛牌：啟東市工業和信息化局） | 簡稱：市工業和信息化局 |
| （掛牌：啟東市糧食和物資儲備局） | 簡稱：市糧食和儲備局 |
| （3） 啟東市教育體育局 | 簡稱：市教育體育局 |
| （合署：中共啟東市委教育工作委員會） | 簡稱：市委教育工委 |
| （啟東市政府教育督導室設在市教育體育局） | 簡稱：市教育督導室 |
| （4） 啟東市科學技術局 | 簡稱：市科技局 |
| （5） 啟東市公安局 | 簡稱：市公安局 |
| （6） 啟東市民政局 | 簡稱：市民政局 |
| （7） 啟東市司法局 | 簡稱：市司法局 |
| （中共啟東市委全面依法治市委員會辦公室設在市司法局） | 簡稱：市委依法治市辦 |
| （8） 啟東市財政局 | 簡稱：市財政局 |
| （掛牌：啟東市政府國有資產監督管理辦公室） | 簡稱：市國資辦 |
| （9） 啟東市人力資源和社會保障局 | 簡稱：市人力資源社會保障局 |
| （10） 啟東市自然資源局 | 簡稱：市自然資源局 |
| （掛牌：啟東市林業局） | 簡稱：市林業局 |
| （掛牌：啟東市海洋局） | 簡稱：市海洋局 |
| （11） 啟東市住房和城鄉建設局 | 簡稱：市住房城鄉建設局 |
| （掛牌：啟東市人民防空辦公室） | 簡稱：市人防辦 |
| （掛牌：啟東市地震局） | 簡稱：市地震局 |
| （12） 啟東市城市管理局 | 簡稱：市城市管理局 |
| （掛牌：啟東市綜合行政執法局） | 簡稱：市綜合執法局 |
| （13） 啟東市交通運輸局 | 簡稱：市交通運輸局 |
| （14） 啟東市水務局 | 簡稱：市水務局 |
| （15） 啟東市農業農村局 | 簡稱：市農業農村局 |
| （掛牌：啟東市政府扶貧工作辦公室） | 簡稱：市扶貧辦 |
| （中共啟東市委農村工作領導小組辦公室設在市農業農村局） | 簡稱：市委農村工作領導小組辦公室 |
| （16） 啟東市商務局 | 簡稱：市商務局 |
| （掛牌：啟東市口岸辦公室） | 簡稱：市口岸辦 |
| （17） 啟東市文化廣電和旅游局 | 簡稱：市文廣和旅游局 |
| （18） 啟東市衛生健康委員會 | 簡稱：市衛生健康委 |
| （19） 啟東市退役軍人事務局 | 簡稱：市退役軍人局 |
| （20） 啟東市應急管理局 | 簡稱：市應急局 |
| （21） 啟東市審計局 | 簡稱：市審計局 |
| （中共啟東市委審計委員會辦公室設在市審計局） | 簡稱：市委審計辦 |
| （22） 啟東市行政審批局 | 簡稱：市行政審批局 |
| （掛牌：啟東市政務服務管理辦公室） | 簡稱：市政務辦 |
| （23） 啟東市市場監督管理局 | 簡稱：市市場監管局 |
| （掛牌：啟東市知識產權局） | 簡稱：市知識產權局 |
| （24） 啟東市統計局 | 簡稱：市統計局 |
| （25） 啟東市醫療保障局 | 簡稱：市醫保局 |
| （26） 啟東市信訪局 | 簡稱：市信訪局 |
| （合署：中共啟東市委信訪局） | 簡稱：市委信訪局 |
| （27） 啟東市地方金融監督管理局 | 簡稱：市地方金融監管局 |
| （掛牌：啟東市人民政府金融工作辦公室） | 簡稱：市金融辦 |