市交通運輸局負責貫徹落實中央關于交通運輸工作的方針政策和省委、南通市委、啟東市委的決策部署，在履行職責過程中堅持和加強黨對交通運輸工作的集中統一領導。主要職責是：
（一）貫徹執行黨和國家、省、南通市有關交通運輸的方針政策、法律法規，擬訂全市交通運輸行業有關政策并監督實施；負責全市交通運輸行業體制改革工作。
（二）組織編制全市綜合交通運輸體系規劃，組織擬訂全市公路、航道、港口、民用航空、城市公共交通和交通物流業等交通運輸行業的發展規劃和年度計劃，參與全市鐵路規劃；組織編制城市客運發展規劃和參與客運有關設施規劃，組織編制交通運輸樞紐規劃；負責交通運輸行業統計和信息發布工作。
（三）負責全市交通運輸行業基礎設施建設、質量監督與維護工作；負責全市港口岸線、陸域、水域交通運輸的統一管理工作。
（四）承擔全市道路、水路、港口運輸市場監管責任；負責城市客運和出租汽車行業管理工作；負責全市客貨運站場建設管理工作；負責機動車維修和機動車駕駛員培訓管理工作；負責交通物流市場管理工作。
（五）指導全市交通運輸綜合行政執法工作。負責除長江和沿海以外的全市其他通航水域的水上安全監督、內河救助打撈、船舶防污染監督管理工作；協助做好內河通航水域船舶檢驗工作。
（六）組織、協調全市鐵路建設項目的申報立項、勘測、設計等前期工作、征地拆遷工作；負責對鐵路及其相關工程質量保障體系進行監督檢查。
（七）負責提出交通運輸專項資金安排意見；負責交通運輸預算資金的申請、撥付和監管；指導監督交通國有資產管理和保值增值；負責交通運輸行業內部審計工作。
（八）擬訂全市交通運輸行業科技與信息化政策、規劃和規范并組織實施；指導并監督交通運輸行業質量、技術、環保和節能減排工作。
（九）負責全市交通運輸行業安全生產的監督管理；承擔并指導全市交通運輸行業應急處置工作；組織實施重點物資運輸和緊急運輸。
（十）組織引導全市通用航空產業發展；承辦市國防動員委員會交通戰備辦公室工作。
（十一）指導全市交通運輸行業隊伍建設和精神文明建設。
（十二）承辦市委、市政府交辦的其他任務。
（十三）與市農業農村局的有關職責分工。市交通運輸局做好漁業船舶檢驗相關銜接工作，市農業農村局負責漁業船舶檢驗和監督管理工作。